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JoSy "ASR pour la Science" - les 14 et 15 octobre 2010 à Bordeaux

Publié le mardi 1er juin 2010, mis à jour le lundi 21 décembre 2015, par Boebion Olivier

Objet : De plus en plus l’informatique pénètre au cœur des expériences. Cette situation contribue à impliquer des chercheurs, des développeurs, des instrumentalistes dans des processus informatisés, mais aussi les administrateurs systèmes et réseaux, qui de par même de leur fonction, doivent proposer des solutions spécifiquement liées à l’activité scientifique de leur unité.

Que ce soit dans la fourniture du contexte d’une expérience, d’un instrument particulier, de moyens de calculs ou de stockage, les ASR dépassent souvent l’administration des systèmes et réseaux traditionnelle et généraliste pour proposer leurs compétences et leur culture technologique pour s’impliquer et favoriser très directement les missions scientifiques propres à leur contexte. Leur angle de vue leur permet de proposer et déployer des solutions spécifiques, éventuellement innovantes, permettant de réduire les contraintes d’expériences, introduire de nouvelles approches ou de nouvelles fonctions et au final d’apporter un avantage important dans le bon déroulement de ces activités scientifiques.

Cette journée JoSy n’est donc pas comme à l’habitude axée sur un thème technique précis mais présente un ensemble de réalisations de type administration systèmes et réseaux en relation directe avec des
expériences scientifiques. Ces réalisations peuvent faire appel à des
technologies ou des architectures diverses

Date et lieu : les 14 et 15 octobre 2010 dans l’amphithéâtre de l’IMS, Bâtiment A31, campus universitaire de Talence

Web diffusion : Cette JOSY a été diffusée sur le WEB grâce à La cellule Webcast du Centre de Calcul de l’IN2P3. La totalité des vidéos est disponible sur la page Webcast dédiée à cette JOSY.

Organisateurs : Cyrille Allet, Olivier Boebion, Serge Bordères,
Cyril Bras, Anne Facq, Christian Helft

Programme

Jeudi 14 octobre
13H00-14h00
Accueil des participants par Anne Facq et Serge Bordères (video)
14H00
Présentation de la journée et objectifs
14H15

Les différentes phase de la vie d’un projet de recherche : de sa naissance à sa mise en production et plus encore...
- Guilhem Savel (LABRI)
(pdf, video)

Les projets de recherches sont initiés par les chercheurs, enseignant-chercheurs avec le support des ITAs. Dans la phase de conception, une architecture de test est souvent conçue afin de démontrer la faisabilité. Ensuite, le projet passe dans une phase plus critique, la mise en production. Enfin, l’aboutissement d’un projet est de dépasser ses objectifs initiaux tant en terme de volumétrie et que de durée... Dans ce contexte, il sera exposé les différents moments et manières où les administrateurs systèmes et réseaux interviennent. Les thèmes suivants seront abordés aussi bien sous l’angle technique que sur l’aspect humain :

  • le conseil au jour le jour sur une architecture où l’ASR n’a pas la main et n’est pas intervenu au départ
  • la maintenance : celle-ci est non permanente car les chercheurs non pas forcément le temps, et ce n’est pas non plus leur fonction première.
  • l’aide au recrutement de personnes et montage financier
  • l’assistance à l’évolution pour fiabiliser un service déjà en ligne : évolution matérielle et architectural afin de suivre l’évolution technologique (virtualisation, haute disponibilité,...)

Les technologies qui seront abordées, seront liées à la virtualisation effectuée à l’aide de KVM de redhat, sur du matériel DELL R910 et PS6xxx et des switchs HP Procurve.

15H00

Cluster de calcul et stockage au laboratoire de géophysique interne et technophysique
- projet whisper
- Patrick Fulconis (LGIT ) (pdf, video)

Le projet Whisper a pour but d’exploiter les importantes quantités d’enregistrement continu des
mouvements du sol (bruit sismique) pour détecter et caractériser de faibles variations des propriétés
élastiques des roches en profondeur qui sont associées aux lentes déformations de la croûte
terrestre. L’aspect informatique consiste à corréler de grandes quantités de données et à post-traiter
ces masses d’informations.

Pour effectuer ces calculs, nous avons mis en place une solution d’un
NAS de 80To raccordé à un cluster de 512 coeurs (64 noeuds)

15H30
Pause café
16H00

Conception d’une ferme de calcul pour la plateforme bio-informatique ATGC - Stéphane George (LIRMM) (pdf, video)

L’augmentation de la quantité de données biologiques crée de nouveaux besoins en infrastructure de
calcul. L’équipe de recherche Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (M.A.B.)
développe des méthodes et des outils pour la biologie moléculaire à grande échelle. Ces travaux
sont valorisés et distribués sur la plateforme en ligne ATGC. Les besoins de l’équipe sont liés à deux usages :

  • un usage de production : pérenniser et accroître les ressources d’ATGC ;
  • un usage dédié aux expérimentations logicielles "offline".

L’équipe RéseauX du Service Technique Informatique (STI-RX) du Laboratoire d’Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
(L.I.R.M.M.) a répondu aux besoins de la plateforme en proposant une architecture basée sur Sun
Grid Engine et Mosix. L’équipe M.A.B est autonome sur certaines tâches d’administrations
systèmes liées à la gestions des ressources de la ferme, notamment par le biais d’un outil que nous
avons développé : nadm qui sera présenté dans cette intervention.

16H30

Mobilnet, Réseau pour expériences mobiles (GLAST/FERMI ) - S.Bordères (CENBG) (pdf, video)

Les chercheurs du CENBG partent régulièrement faire des expériences sur des sites
distants tels que le CERN, le GANIL. Ils emportent avec eux de plus en plus de matériels
informatiques qui doivent être connectés en réseau sur le site d’accueil pendant la durée de leur
campagne. Il s’agit des machines des membres de l’équipe, de machines d’acquisition connectées
aux instruments de l’expérience, d’imprimantes etc..

Mobilnet est une solution proposée aux
chercheurs du CENBG et complètement dérivée des outils utilisés dans la gestion du réseau local.
Ainsi ils peuvent créer leur réseau d’expérience, tester tous les moyens localement dans le
laboratoire et se déplacer ensuite à l’identique vers le site distant en réduisant les contraintes
administratives et les risques techniques.

17H15

Contrôle et gestion sécurisés à distance d’un dispositif de mesures : ATLAS - Régis Devreese (IMS) (pdf, video)

Le laboratoire IMS développe une activité de recherche dans le domaine du test et de l’analyse par
faisceaux laser au sein du groupe Nanoélectronique. Afin de répondre aux besoins de nos
partenaires en terme de solutions légères et innovantes de tests de composants, la plateforme
ATLAS désignant le banc de mesures associé à cette activité a été complétée d’un dispositif d’accès
sécurisé à distance s’appuyant sur les tunnels SSH et permettant de contrôler un sous-ensemble des
fonctionnalités de cet appareillage.

18H00
Fin de la journée

 

Vendredi 15 octobre
8H00-9H00
Accueil des participants
9H00

Le stockage des données expérimentales et les moyens de calcul du Synchrotron SOLEIL - Philippe Martinez (Soleil) (pdf, video)

Le synchrotron SOLEIL est une source de lumière de haute brillance situé à St Aubin dans le
département de l’Essonne. SOLEIL contribue chaque semaine à l’avancement d’une trentaine de
sujets de recherche fondamentale, appliquée ou industrielle, dans des domaines très variés tels que
la médecine, la biologie, l’environnement, les géosciences, l’énergie, les nanotechnologies, la
chimie,les matériaux, etc...

Les exigences de notre environnement nous ont conduit à faire des choix que nous présenterons et
nous vous décrirons l’architecture informatique scientifique mise en place. Nous verrons notamment
le stockage des données expérimentales et les moyens de calcul servant à la simulation, à la
préparation, à la conduite et au post-traitement des expériences.

9H45

Marvelig, une plate-forme pour l’informatique ambiante - Alban Chazot (LIG) (pdf, video)

Notre mission implique de déployer et de gérer une plate-forme pour l’informatique ambiante,
thème fédérateur de 24 équipes de recherche. Il s’agit ainsi de fournir une infrastructure
informatique pour la recherche en informatique.
La première tâche consiste à héberger des prototypes et des corpus de données multimédia. Pour
cela, nous avons constitué une grappe de processeurs qui partage un espace de stockage de 40 To et
qui supporte une vingtaine de machines virtuelles dédiées chacune à une configuration spécifique
d’un sous-thème. Une deuxième activité concerne le déploiement d’intergiciels et celui des
prototypes eux-mêmes, après leur adaptation préalable réalisée en collaboration avec les chercheurs
auteurs de ces prototypes. Enfin, nous participons au montage des expérimentations et des
démonstrations.

L’informatique ambiante nécessite de plus des dispositifs et capteurs de toutes sortes (tags, cameras, smartphones, etc.) que nous avons aussi à déployer. Hors compétences strictement "ASR" mais indispensable, une dernière activité concerne la
communication tant interne qu’externe sur les prototypes (forge, espace collaboratif, ...) et la
conception/montage de vidéos de démonstrations.

10H30
Pause café
11H00

MeteoLive : Acquisition en temps réel de données Météo pour le service d’Observation d’un laboratoire d’océanologie - Christophe Yohia et Maurice Libes (Centre d’Oceanologie de Marseille UMS2196) (pdf, video)

Le chercheur responsable du service d’observation du Centre
d’Océanologie de Marseille a soumis un projet de valorisation de données météo aux administrateurs système, auteurs de cette présentation. Pour répondre à cette demande, quelques outils d’administration système couramment utilisés par les ASR (CRON, montage CIFS,
travail de fichier en Perl, génération de graphique en GnuPlot, intégration dans une BD MySQL)
ont permis d’acquérir des données d’une station météo située en mer et d’afficher les graphes en
temps réel sur une page Web.

Les avantages de ce travail modeste mais efficace sont :l’automatisation de la chaine (aucune intervention humaine), l’aspect temps réel (affichage des
graphes toutes les 6 heures), l’archivage, l’exploitation ultérieure (interrogation, filtrage des données
par opérateurs SQL).

11H45

Méso-centre de l’UdS : une mutualisation des moyens de calcul en symbiose - R. David (Université Strasbourg) (pdf, video)

Le méso-centre de l’UdS propose des services de soutien à la recherche
s’appuyant sur le calcul scientifique, incluant l’accès à des moyens de
calcul. Ces moyens de calcul sont en grande partie mutualisés, c’est-à-dire
financés directement par les laboratoires.
A travers 2 exemples, nous montrerons quel a été l’apport de la
mutualisation pour des laboratoires de recherche, et comment s’est
effectuée la répartition des tâches avec les ASR des laboratoires.

12H30
Fin de la journée

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